Virtuella maskiner och PDF: Framtidens kvarlevor från det förflutna

Python-utgåva JVM-utgåva Blogg … bibliotek —> Virtuella maskiner och PDF: Framtidens reliker från det förflutna av Konrad Hinsen, publicerad den 09 sep 2014 Ett nyligen tweetat inlägg av Greg Wilson prickar rätt i sak: VM-avbilder är bara PDF-filer som du kan köra. Om vi använder dem för reproducerbarhet idag, kommer folk imorgon att behöva hacka fram verktyg för att extrahera deras innehåll.

Faktum är att både virtuella maskiner och PDF-formatet ursprungligen designades för ett mycket specifikt ändamål, men detta ändamål var inte vetenskaplig publicering. PDF-formatet skapades för att fånga exakt innehåll från tryckta papperssidor i en datorfil. Det finns naturligtvis mycket goda skäl till detta, vilket är anledningen till att PDF blev så populärt. Virtuella maskiner utvecklades för att göra en komplett mjukvarustack, från operativsystem till applikationsprogram, överförbar från en fysisk dator till en annan. Även här finns det mycket goda skäl, vilket förklarar varför virtuella maskiner vann spridning.

Både PDF och virtuella maskiner adopterades inom vetenskaplig publicering av ren bekvämlighet: de var väletablerade tekniker som tycktes motsvara ett omedelbart behov. PDF ersatte tryckt papper som publiceringsmedium inom vetenskapen genom en minimal övergång till elektronisk publicering: endast mediet byttes ut. Men elektronisk publicering skulle kunna erbjuda så mycket mer: rådata och beräkningsmetoder kunde göras maskinläsbara och därmed återanvändbara av andra.

Om du handlar: DataCamp — Interaktiva Python- och datavetenskapskurser kodar du direkt i webbläsaren.

Virtuella maskiner erbjuder ett sätt med låg insats att arkivera och publicera beräkningar på ett minimalt vis, utan att kräva några ändringar i de mjukvaror och filformat vi använder idag. Men återigen missas en stor chans att göra det bättre och göra data och kod tillgängliga och återanvändbara. ActivePapers skapades specifikt för att adressera dessa problem, och det är kanske det första filformat som designats med behoven inom vetenskaplig publicering som högsta prioritet.

En ActivePaper kombinerar dataset och den kod som bearbetar dem, på ett sätt som möjliggör återanvändning av det ena eller det andra (eller naturligtvis båda) på ett fullt spårbart sätt. För att bedriva vetenskap inte bara reproducerbart, utan också öppet, är detta mycket viktigt. kommentarer drivs av Disqus

Mer att läsa

• Virtuell maskin — Wikipedia