虛擬機器與 PDF：即將成為歷史遺跡

虛擬機器與 PDF：未來的過去遺跡 作者：Konrad Hinsen，發表於 2014 年 9 月 9 日 Greg Wilson 最近的一則推文可謂一針見血：虛擬機器映像檔不過就是可以執行的 PDF。若我們今日將其用於可重複性研究，明日人們將不得不費力開發工具來挖掘其中的內容。事實上，虛擬機器與 PDF 最初都是為特定目的而設計，但該目的並非科學出版。PDF 的設計初衷，是將印刷紙頁的精確內容完整捕捉至電腦檔案中。這麼做當然有充分理由，這也正是 PDF 得以普及的原因。虛擬機器則旨在讓完整的軟體堆疊（從作業系統到應用程式）能夠在不同實體電腦之間遷移。這麼做同樣有其充分理由，因此虛擬機器也廣受歡迎。PDF 與虛擬機器之所以被採用於科學出版，主要是出於便利考量：它們是成熟穩固的技術，看似能滿足當下的迫切需求。PDF 取代印刷紙張成為科學出版的媒介，僅實現了向電子出版的最小化過渡：變化的只是載體本身。然而，電子出版本可提供更優越的方案：原始資料與計算方法若能具備機器可讀性，便能供他人重複使用。虛擬機器提供了一種低成本的途徑，以最小改動的方式歸檔與發布計算過程，無需變更我們今日所使用的軟體與檔案格式。但同樣地，我們再次錯失了大幅提升的機會，未能讓資料與程式碼真正變得易於存取與重複利用。ActivePapers 正是為解決這些問題而專門設計，它或許是首個將科學出版需求列為首要考量的檔案格式。ActivePaper 將資料集與其對應的處理程式結合在一起，使得其中任一者（或兩者皆可）都能以完全可追溯的方式被重複利用。對於不僅追求可重複性、更致力於開放科學的研究工作而言，這一點至關重要。留言功能由 Disqus 提供

延伸閱讀

• 虛擬機器 — 維基百科