Machines virtuelles et PDF : les reliques du passé

Édition Python Édition JVM Blog … bibliothèque —> Les machines virtuelles et le PDF : de futures reliques du passé par Konrad Hinsen, publié le 09 Sep 2014 Un récent tweet de Greg Wilson met le doigt sur là où ça fait mal : les images de machines virtuelles ne sont que des PDF exécutables. Si nous les utilisons aujourd’hui pour la reproductibilité, demain, les gens devront bricoler des outils pour en extraire le contenu.

En réalité, les machines virtuelles et les PDF ont été conçus dans un but très précis, mais ce n’est pas celui de l’édition scientifique. Les PDF ont été créés pour capturer dans un fichier informatique le contenu exact de pages imprimées sur papier. Il y a évidemment d’excellentes raisons à cela, et c’est pourquoi les PDF se sont imposés. Les machines virtuelles ont été conçues pour rendre une pile logicielle complète, du système d’exploitation aux applications, transférable d’un ordinateur physique à un autre.

Là aussi, il existe d’excellentes raisons, ce qui explique leur popularité. L’adoption des PDF et des machines virtuelles dans l’édition scientifique s’est faite par commodité : il s’agissait de technologies bien établies qui semblaient répondre à un besoin immédiat. Les PDF ont remplacé le papier imprimé comme support de publication scientifique, opérant une transition minimale vers l’édition électronique : seul le support a changé.

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Or, l’édition électronique permettrait bien mieux : les données brutes et les méthodes de calcul pourraient être lisibles par machine et donc réutilisables par d’autres. Les machines virtuelles offrent un moyen peu coûteux d’archiver et de publier des calculs de manière minimale, sans nécessiter de changement dans les logiciels et formats de fichiers que nous utilisons aujourd’hui. Mais là encore, une belle occasion est manquée de faire mieux et de rendre les données et le code accessibles et réutilisables.

ActivePapers a été spécifiquement conçu pour résoudre ces problèmes ; c’est peut-être le premier format de fichier pensé en plaçant les besoins de l’édition scientifique au premier rang de ses priorités. Un ActivePaper combine jeux de données et code les traitant, d’une manière qui permet de réutiliser l’un ou l’autre (ou les deux, bien sûr) de façon entièrement traçable.

Pour faire de la science non seulement reproductible, mais aussi ouverte, c’est essentiel. commentaires propulsés par Disqus

Pour aller plus loin

• Machine virtuelle — Wikipédia