ActivePapers-opas

Python-versio JVM-versio Pharo-versio Blogi … kirjasto —> ActivePapers-opas Tämä lyhyt opas näyttää, kuinka voit tarkastella ActivePaperin sisältöä purkaa koodin ja dokumentaation (mukaan lukien kuvaajat) muokata laskennan parametreja muokata koodia suorittaa laskennat uudelleen luoda ActivePaperin alusta alkaen Tämän oppaan esimerkitiedoston voi ladata Figsharesta. On myös hyvä idea tutustua kuvaukseen Figsharen sivustolla.

Sinun ei tarvitse ymmärtää, mitä se tekee tai miksi, mutta jos olet kiinnostunut, voit vapaasti tutkia työtä kuvaavaa artikkelia, joka käsittelee proteiinin translaatio- ja rotaatiodiffuusioteensoreiden laskemista liuoksesta molekyylidynamiikkatrajektorin perusteella. Kopioi lataamasi ActivePaper-tiedosto tyhjään hakemistoon. Avaa komentokehote ja siirry kyseiseen hakemistoon. Kun kirjoitat ls -l, näet jotain tämän kaltaista: -rw-r—r— 1 hinsen staff 148133188 Sep 26 16:21 lysozyme_diffusion.ap Sisällön tarkastelu aptool ls tuottaa pitkän listan tietoaineistoja, alkaen seuraavista: code/correlation_functions code/diffusion_tensor code/identify_trajectories code/plots code/python-packages/fitting code/python-packages/molecular_structure code/python-packages/mosaic code/python-packages/quaternion code/python-packages/time_series code/python-packages/units code/thermal_averages code/trajectory_processing data/coordinate_trajectories/rotation_laboratory_frame_1 data/coordinate_trajectories/rotation_laboratory_frame_10 data/coordinate_trajectories/rotation_laboratory_frame_2 Mutta miten aptool tietää, mihin ActivePaper-tiedostoon haluat tutustua?

No, jos nykyisessä hakemistossa on vain yksi .ap-päätteinen tiedosto, se on se, jota käytetään. Siksi onkin hyvä idea käyttää erillistä hakemistoa jokaiselle ActivePaper-projektille. Jos jostain syystä et halua tehdä näin, voit antaa ActivePaper-tiedoston nimen eksplisiittisesti: aptool ls -p lysozyme_diffusion.ap Lisätietoja saat käyttämällä komentoa aptool ls -l, joka tuottaa: 2013-06-07/09:13:05 calclet code/correlation_functions 2013-06-07/09:19:48 calclet code/diffusion_tensor 2013-06-07/10:02:29 calclet code/identify_trajectories 2013-06-12/08:03:48 calclet code/plots 2013-06-04/15:42:02 module code/python-packages/fitting 2013-05-02/15:11:53 module code/python-packages/molecular_structure 2013-06-14/15:46:18 reference code/python-packages/mosaic 2013-05-23/11:42:31 module code/python-packages/quaternion 2013-05-27/04:13:09 module code/python-packages/time_series 2013-05-02/15:12:07 module code/python-packages/units plus paljon muita samanlaisia rivejä.

Ensimmäinen sarake näyttää kunkin tietoaineiston viimeisen muokkausajan. Toinen sarake näyttää tietoaineiston tyypin. Yllä oleva lista sisältää kaksi suoritettavan koodin tyyppiä: calclet ja module.

Listassa ei esiinny kolmatta tyyppiä, importlet. Module on juuri sitä, mitä Python-ohjelmoija odottaa: Python-lähdekooditiedosto, jonka muut Python-koodit voivat tuoda sisään.

Calcletit ja importletit ovat ActivePapersin tarjoamia skriptityyppejä. Yleisin tyyppi on calclet, joka on Python-skripti rajoitetuin oikeuksin: se ei voi suorittaa mitään I/O-toimintoja ActivePaper-tiedoston ulkopuolella, mikä tarkoittaa, että se ei pääse käsiksi eikä tiedostoihin eikä verkkoresursseihin. Nämä rajoitukset varmistavat toistettavuuden (kaikki syöttötiedot ovat taatusti ActivePaperissa) ja suojaavat käyttäjää virheilta ja haitalliselta koodilta. Ne tarkoittavat kuitenkin myös sitä, että calcleteja ei voi käyttää tiedostojen tuomiseen ActivePaperiin.

Aiheeseen liittyvä: DataCamp — Interaktiiviset Python- ja datatieteen kurssit, jotka koodaat suoraan selaimessa.

Tässä kohdassa importletit astuvat kuvaan: ne voivat käyttää kaikkia Pythonin ominaisuuksia ja päästä käsitty mihin tahansa resurssiin. Tämä tarkoittaa myös sitä, että et pitäisi suorittaa muiden kirjoittamia importleteja ilman, että olet ensin tarkastellut niitä. [[Calclets]]-sivu kertoo, kuinka calcleteja ja importleteja kirjoitetaan.

Yllä olevassa listassa on vielä yksi tietoaineistotyyppi: reference, jota käytetään viittaamaan tietoaineistoihin muissa ActivePaper-tiedostoissa. Viittaus koostuu kahdesta osasta: viitteestä tiedostoon ja tietoaineiston nimestä kyseisessä tiedostossa. Tiedostoviite voi olla DOI julkaistulle tiedostolle tai paikallinen tiedostonimi. Paikalliset tiedostonimet eivät tietenkään ole merkityksellisiä kenelläkään muulla tietokoneella, joten paikalliset viittaukset ovat hieman kuin importletit: ne dokumentoivat, mistä data on peräisin, mutta eivät tee sitä saatavilla.

Katsotaanpa viittauksia ActivePaperissamme: aptool refs Löydämme yhden DOI:n ja kymmenen paikallista viittausta: doi:10.6084/m9.figshare.705829 local:lysozyme_spce_rbt_1 local:lysozyme_spce_rbt_10 local:lysozyme_spce_rbt_2 local:lysozyme_spce_rbt_3 local:lysozyme_spce_rbt_4 local:lysozyme_spce_rbt_5 local:lysozyme_spce_rbt_6 local:lysozyme_spce_rbt_7 local:lysozyme_spce_rbt_8 local:lysozyme_spce_rbt_9 DOI viittaa pyMosaic-kirjaston versioon 0.1.1, kuten se on talletettu Figshareen. Paikalliset tiedostot ovat simulaatiotrajektoreita, joita ActivePaperissa analysoidaan.

Lukijan suosikki: Dataquest — Projektipohjaiset tietotieteen polut ohjatulla päätteellä ja todellisilla tietojoukoilla.

Haetaanpa lisää tietoa näistä viittauksista: aptool refs -v doi:10.6084/m9.figshare.705829 links: code/python-packages/mosaic local:lysozyme_spce_rbt_1 copies: data/center_of_mass data/orientation data/reference_structure data/time ja niin edelleen yhdeksälle muulle syöttötiedostolle. Tämä osoittaa, että DOI:tä käytetään linkkinä kohdetiedoston tietoaineistoon code/python-packages/mosaic, kun taas paikallisia tiedostoja käytettiin lähteenä datalle, joka kopioitiin itse ActivePaperiin. Kopiointiviittaus palvelee siis vain dokumentaatiota; viitatun tiedoston kopiota ei tarvita.

Palataanpa tietoaineistotyyppeihin. Niitä on vielä muutama, jotka eivät ilmestyneet aptool ls -l -komennon ensimmäisille riveille, joten katsotaanpa muutamaa jäljellä olevaa riviä: 2013-07-03/12:24:26 text documentation/README 2013-06-14/15:55:08 file documentation/c_rr_diagonals.pdf 2013-06-14/15:55:00 data data/correlation_function_integration_limit 2013-06-14/15:46:47 dummy data/coordinate_trajectories/rotation_laboratory_frame_1 Arvaat varmasti, mitä text tarkoittaa.

File on puolestaan sitä, mitä tiedosto on Unix-maailmassa: tavujono, johon ei liity erityistä tulkintaa. Myöhemmin näet, kuinka tällainen tiedosto voidaan purkaa. Datan merkitys on ehkä vähemmän ilmeinen, erityisesti se, miten se eroaa tiedostosta. Vastaus on, että data on mielivaltainen HDF5-tietoaineisto, jolle on määritelty data-avaruus ja datatyyppi.

Voit ajatella sitä matriisina, sillä se on itse asiassa melko lähellä sitä. Jäljelle jää dummy, joka on olematon tietoaineisto. Tarkemmin sanottuna tietoaineisto, joka ei enää ole olemassa.

Se on tietoaineisto, jonka calclet on generoinut ja joka on sen jälkeen poistettu eksplisiittisesti (käyttäen komentoa aptool dummy …) tiedoston koon pienentämiseksi. Jos haluat tarkastella sitä tai suorittaa mitään sitä lukevista calcleteista, sinun on ensin regeneroitava se suorittamalla calclet uudelleen. Tehdäänpä niin: aptool update -v Tämä päivittää kaiken ActivePaperissa, mikä tarvitsee päivitystä: dummy-tietoaineistot sekä vanhentuneet tietoaineistot, eli tietoaineistot, jotka ovat vanhempia kuin ne tuottaneen calcletin nykyinen versio. -v-valitsin tekee tulostuksesta yksityiskohtaista; se kertoo, mitkä calcletit suoritetaan ja miksi.

Varaudu odottamaan hetki; omalla koneellani operaatio vie noin kahdeksan minuuttia. Huomaamme, että tiedoston koko on kasvanut huomattavasti: ls -l -rw-r—r— 1 hinsen staff 540352636 Oct 23 14:54 lysozyme_diffusion.ap Lisäksi entiset dummy-tietoaineistot ovat nyt oikeita tietoaineistoja: aptool ls -l data/coordinate_trajectories/rotation_laboratory_frame_1 2013-10-23/14:45:29 data data/coordinate_trajectories/rotation_laboratory_frame_1 Kuvaajien purkaminen Jos tarkastelet aptool ls -l -komennon koko tulostetta, huomaat pari PDF-tiedostoa documentation-ryhmässä.

Aiheeseen liittyvä: Udemy — Osta yksittäisiä tieteellisiä Python-kursseja suoraan, usein suurilla alennuksilla.

Nähdäksesi ne, pura ne oikeiksi tiedostoiksi: aptool checkout documentation Tämä hakee myös README-tiedoston, sillä se purkaa kaiken HDF5-ryhmästä documentation paikalliseen hakemistoon, jonka nimi on – arvasit oikein – documentation. ActivePaperin documentation-ryhmä on tarkoitettu ihmisille suunnatulle datalle; sitä ei yleensä käytetä syötteenä laskennoissa. Huomaa, että voit tietenkin purkaa yksittäisiä tiedostoja, esimerkiksi: aptool checkout documentation/README.txt Checkout-komento purkaa vain ne tietoaineistot, jotka ovat uudempia kuin vastaava levyllä oleva tiedosto, jos sellainen on jo olemassa.

Voit siten muokata purettuja tiedostoja ilman, että ne ylikirjoitetaan. Näemme tämän toiminnassa heti, kun työskentelemme koodin parissa. Koodin purkaminen ja muokkaaminen Seuraavaksi katsotaan kaikkea koodia